台鐵公司化後，高層大幅加薪引發爭議，基層員工加薪方案尚未核定，引發社會關注。據台鐵產業工會披露，台鐵董事長杜微加薪5萬多，高達40%，月薪近20萬元，引發基層員工不滿，質疑公司化後高層未解決維修預算、人力及員工待遇問題，反問「高層不該記功，而是該記過」。
台鐵產業工會表示，台鐵公司化至今10個月，員工薪資待遇及工作條件引發關注，但董總大幅加薪卻未解決員工待遇問題，顯然公司化後的改革方向有待商榷。為安撫基層員工，交通部長陳世凱與台鐵、台鐵企業工會會談後，宣布基層員工加薪1800至3140元，起薪3萬6000元。
台鐵董事長杜微表示，員工薪資調漲方案待行政院核定後實施，並可回溯到職日，強調「一直透過勞資協商來溝通，這次從業人員薪資調漲，待行政院核定後，從業人員起薪增幅達3000多元，並可回溯至到職日。」杜微也強調，從業人員要點核定後，危險加給、夜點費及地域加給也會提報。他表示，已經收到董總薪資調漲公文，但會等到從業人員要點核定後，再來調整。
台鐵公司化後，員工薪資待遇及工作條件一直備受關注，董事長加薪案引發軒然大波，未來如何平衡員工福利和公司營運，將是台鐵的重要課題。
